Indirekt durch den Namen eines iohannes de arnesse erscheint der Ort 1289 erstmalig in den Quellen. 1305 wird Arnse dann direkt erwähnt. Benannt wurde es nach seiner Lage am Adlersee, der heute ganz profan nur noch Haussee heisst.
Spätestens in der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts geriet Arendsee in den Sog des spätmittelalterlichen Wüstungsprozesses. Blieben zunächst noch einige Kossätenstellen, so war das Dorf 1491 völlig verweist. Die Kirche verfiel, wurde aber wohl noch als Kapelle für den nicht sofort aufgegebenen Friedhof genutzt. Als dann 1727 hier ein Vorwerk entstand, bekam der Friedhof wieder seine alte Bestimmung, das Gotteshaus jedoch verfiel weiter und diente als Steinbruch für die Errichtung neuer Bauten.

Trotzdem ist von der Kirche noch genug erhalten um wesentliche Aussagen über sie zu erlauben. Dazu kommt noch, dass außer Verfall und Abriss keinerlei neuzeitliche Umbauten das ursprüngliche Bild verzerren. Das Bauwerk bestand aus querrechteckigem Westturm in Schiffsbreite und Schiff mit geradem Ostabschluss. Seine äußere Steinschicht zeigt, soweit noch vorhanden das sorgfältig bearbeitete und regelmäßige Quadermauerwerk des 13. und beginnenden 14. Jahrhunderts, ein begehrtes Material beim späteren Teilabbruch der Ruine. Relativ gut erhalten ist der Turm. Hier haben sich sogar noch Teile des Tonnengewölbes im Untergschoss erhalten. Auch eine Treppe in Kellergewölbe soll noch existieren, welche, jedenfalls nach Aussage von älteren Einheimischen, noch in den 60er Jahren begehbar gewesen sein sollen. Das Westportal dürfte einmal ein repräsentatives, vielleicht sogar mehrstufiges, Feldsteingewände besessen haben. Heute ist davon nur noch die kahle Öffnung zu sehen. Die Verbindung zum Schiff erfolgt über einen noch vollkommen erhaltenen breiten Spitzbogen.
Vom Schiff selbst ist hauptsächlich nur der nördliche Teil des Ostabschlusses mit einer der ehemals drei Lanzetten der Dreifenstergruppe geblieben. Verloren sind die sicher vorhandenen beiden seitlichen Zugänge: Gemeindeportal und Priesterpforte sowie die Fenster der Längsseiten.
Nach Grundriss und Qualität des erhaltenen äußeren Quadermauerwerks dürfte das Arendseer Gotteshaus in der 2. Hälfte des 13. oder zu Beginn des 14. Jahrhunderts errichtet worden sein. Durch das Wüstfallen des Ortes blieben die sonst wohl erfolgten Umbauten des späten Mittelalters, des Barock oder der Neogotik und –romanik des 19. Jahrhunderts aus. Der ruinöse Zustand erlaubt, wie bei einer ganzen Reihe anderer Kirchenruinen auch, die besonders in der Uckermark gehäuft auftreten, ein gründliches Studium mittelalterlicher Feldsteintechnik. Dazu strahlen diese oft von üppiger Vegetation umgebenen alten Gemäuer oft ein geheimnisvoll romantisches Flair aus, dem sich der Besucher nur schwer entziehen kann.