Als scheinbar neogotisches Bauwerk des 19. Jahrhunderts präsentiert sich heute die Altkünkendorfer Kirche dem Betrachter. Im Kern stammt sie jedoch aus dem 13. Jahrhundert, der Zeit, in der das Dorf 1287 erstmals erwähnt wird. Das Gotteshaus besteht aus schiffsbreitem Westturm und einfachem Rechtecksaal. Alles gemauert mit den für die erste Generation fester Dorfkirchenbauten typischen regelmäßig zugeschlagenen Feldsteinquadern.
Die wechselvolle Geschichte des Ortes spiegelt sich in den Mauern der Kirche. Deutlich erkennt man, dass der Ostgiebel ab Traufhöhe aus kleinteiligen unregelmäßigen Mauerwerk besteht. Dieser Zustand korrespondiert mit dem Zeugnis der Schriftquellen. 1459 wird Altkünkendorf als wüst bezeichnet. Es dürfte so wie viele andere Opfer der Wüstungsprozesse im 14. und 15. Jahrhundert geworden sein. Dabei wird die Kirche als Ruine die Zeit bis zur Wiederbesiedlung überstanden haben. Um das Jahr 1600 gibt es dann Nachrichten über Arbeiten an dem Bau, der nun wieder seiner alten Funktion zugeführt wird.
Die gravierendsten Veränderungen brachten dann die Jahre 1850-1860. Sämtliche Fenster wurden umgebaut und im Westen ein achteckiger, 34 m hoher Backsteinturm angefügt. Im Osten schließt die Kirche nun eine dreiseitige Apsis aus Feldstein ab. Den Giebel zieren Fialen aus Backstein.